在台南市一群熱心的物理治療師的奔走下，在97年9月間開始籌組台南市物理治療師公會，於同年12月28日召開成立大會，並順利選舉出第一屆理監事會，並由台南市政府無障礙之家蔡瀚文治療師擔任理事長，成功大學醫院王雲娥治療師擔任常務監事。

除平常協助辦理會員辦理執業登記的業務外，公會也將積極地與公家部門、相關醫事團體及社會福利團體合作，並且經常辦理繼續教育課程、聯誼活動等，以凝聚會員對本公會的向心力。